金門縣環境保護局(下稱環保局)為避免小型養豬場常發生未經處理廢水排放而污染水體的情形，輔導既設飼養豬隻20頭以上未滿200頭之畜牧業者依規定提報廢(污)水管理計畫，以降低水污染風險，經審計部福建省金門縣審計室查核發現，部分養豬業者尚未取得廢(污)水管理計畫核准，輔導成效欠佳，經函請檢討改善，已全數完成管理計畫提報及核准作業，提升畜牧業廢水管制範圍及成效。
審計室指出，環保局為配合水污染防治措施及檢測申報管理辦法106年12月27日修正規定，輔導轄區既設飼養豬隻100頭以上未滿200頭之畜牧業計17家，及20頭以上未滿100頭之畜牧業計20家，應分別於108年12月31日及109年12月31日前依規定申請廢(污)水管理計畫核准，以遏止養豬業者不當排放廢(污)水行為，減輕對環境之污染。
然而，審計室於109年3月查核發現，100頭以上未滿200頭之養豬場仍有3家業者提報資料尚待補正中，並未依限於108年12月31日前完成廢(污)水管理計畫核准；又飼養豬隻20頭以上未滿100頭之養豬場20家業者，均尚未檢具廢(污)水管理計畫報請核准，惟距申辦限期109年12月31日，僅餘8個月，輔導成效有待提升，審計室遂於109年5月函請環保局積極檢討辦理。
審計室表示，經追蹤改善情形，環保局已透過舉辦宣導說明會及專業團隊現勘輔導，積極協助應申報之畜牧場完成申辦作業，截至109年底止，除因歇業未從事飼養行為或飼養豬隻規模減為20頭以下等計8家已無須提報廢(污)水管理計畫外，餘15家均全數完成管理計畫核准，有助於強化畜牧業廢(污)水管制，並提升水污染防治成效。