彰化縣環境保護局(下稱環保局)辦理畜牧業廢(污)水管制情形，經審計部臺灣省彰化縣審計室查核發現，部分畜牧業飼養數量已達水污染防治事業標準，惟未取得排放許可證明，或近6成連續3年實施稽查之畜牧業未查獲違規裁罰情事，稽查資源運用效能亟待提升，經函請檢討改善，已依規定查處及實施畜牧場分級管理制度，充分運用稽查資源，強化廢(污)水管制效能。
審計室指出，環保局為改善縣內舊濁水溪等河川水體水質，106至108年度編列預算2,101萬餘元，辦理畜牧業水污染稽查管制計畫，強化畜牧業廢(污)水處理之稽查管制深度，以督促及輔導畜牧業提升廢(污)水處理效率，促進污染削減，保護水體品質。
然而，審計室於108年11月查核發現，環保局未善用動物防疫機關監測檢驗與廚餘養豬安全聯合稽查等橫向機關資料，加強稽查畜牧業廢(污)水處理情形，經運用相關資料勾稽結果，發現畜牧業飼養數量已達水污染防治事業標準，惟未取得排放許可證明者，計34家，又106至108年度環保局辦理畜牧業廢(污)水稽查結果，近6成連續3年實施稽查之畜牧場均未查獲違規情事，稽查技術及資源運用效能亟待提升，審計室遂於109年1月函請環保局積極檢討辦理。
審計室表示，經追蹤改善情形，環保局已派員現場查驗畜牧業廢(污)水處理，截至110年2月底止，已裁處違規罰鍰計21萬元；又環保局為健全管制作業，檢討以往年度稽查成效欠佳之癥結原因重訂現場稽查作業程序，並訂定畜牧場分級管理制度，加強稽查重點流域(舊濁水溪)之畜牧業，109年度稽查告發比率達12.98％，較108年度6.46％，提升6.52個百分點，增幅達100.93％；裁罰金額1,632萬餘元，較108年度425萬餘元，增加1,206萬餘元，增幅達283.35％，有效強化畜牧業廢(污)水管制效能。