彰化縣環境保護局(下稱環保局)辦理水污染源稽查及水污費徵收作業未臻周延，經審計部臺灣省彰化縣審計室查核發現，部分列管水污染防治事業於不同污染源系統申報之毒化物數量存有差異，或已核定之事業廢棄物清理計畫列有廢水處理程序，惟環保局未查處及徵收水污染防治費等情事，經函請檢討改善，已依規定查處及輔導業者補正申報，強化水污染源稽查管制。
審計室指出，環保局為強化水污染源稽查深度，108年度編列預算2,298萬元，辦理水污染源稽查監控及水污染防治費徵收查核計畫，運用科學查核方法，並藉由環、檢、警聯合查緝機制，強化執法力道，期有效遏止事業不當排放廢(污)水行為，以提升水污染防治成效，減輕對環境之污染。
然而，審計室於108年9月查核發現，環保局未善用廢(污)水定期檢測申報、事業廢棄物申報管理資訊及毒性化學物質登記等申報系統資料，加強稽查水污染防治事業之廢(污)水排放情形，經運用相關系統資料勾稽結果，發現列管事業於廢(污)水定期檢測申報系統及毒性化學物質登記申報系統，所申報之毒化物使用量差異達10％以上者，計16家；公告事業已核定之事業廢棄物清理計畫列有廢水處理程序且產出相關廢棄物，惟未列管為水污染防治事業者，計22家；水污染防治事業逾期辦理檢測申報或未依規定設置廢水專責人員者，分別為49家及23家等情事，經於108年11月函請環保局積極檢討辦理。
審計室表示，經追蹤改善情形，截至109年底止，環保局已派員現場查驗業者廢(污)水排放或專責人員設置情形，並輔導業者完成補正申報事宜，且裁處違規罰鍰計365萬餘元及追繳水污染防治費12萬餘元，強化水污染源稽查管制。另將未遵循停工命令之未列管事業，依水污染防治法第34條規定移請檢調機關偵辦，經法院判處拘役，有效嚇阻事業不當排放廢水。