宜蘭縣政府(下稱縣政府)為改善南方澳漁港污染問題，辦理宜蘭縣蘇澳鎮南方澳漁港區域水體環境水質改善計畫，經審計部臺灣省宜蘭縣審計室查核發現，有計畫期程延宕及完工後截流效果不彰等效能過低情事，經函請檢討改善，已完成改善工程，達成截流港區周邊污水目標。
審計室指出，南方澳漁港為宜蘭縣重要觀光地區之一，因長年來未興建污水下水道，致生活污水污染港區或直接流入水溝孳生蚊蠅，影響當地公共衛生，縣政府配合行政院環境保護署推動綠色漁港計畫，辦理設置每日900公噸(CMD)污水處理設施及污水截流管線工程，總經費8,464萬餘元，分別於105年6月26日、同年12月15日完工，預期目標為每日截流港區周邊900CMD污水，以改善漁港水污染問題。
然而，審計室於107年12月查核發現，縣政府未妥適審查污水截流工程招標文件及細部設計內容，且未督促規劃設計單位妥適考量地質條件，編列相關地質改良工程經費，致辦理5次公開招標均流標，延宕決標期程5個月；復對於承商停止施作工程要徑工項未能有效督促改善，致終止契約後須重新發包施作，再次耽延完工期程5個月；另縣政府未查明廠商調整截流井施作位置對截流成效之影響性，即逕行同意驗收，致污水處理設施完工後每日截流水量僅142.31CMD，多數生活污水未經處理即排入港區海域，未發揮設施應有處理量能，未達計畫預期效益，審計室遂於108年12月函請宜蘭縣縣長查明妥處。
審計室表示，經追蹤改善情形，縣政府已研提加強審查招標文件、地質條件務實納入設計、施工階段依現況需求即時回饋及增加工務會議召開頻率等改善措施，以利工程計畫推動順遂，並檢討工法擬定改善方案，改善工程已於109年9月11日完工，截流水量達900CMD以上，達成改善南方澳漁港港域水質之預期成效。