高雄市政府地政局(下稱地政局)為市有耕地之管理機關，99年底市縣合併後，接管前高雄縣有及各鄉鎮市有耕地2千餘筆，經審計部高雄市審計處查核發現，部分市有耕地遭占用或承租人違規使用，經函請研謀改善，已全數完成現況巡查，排除占用、限期違規改善或追收使用補償金，並擬訂分階段清理占用對策，維護公產權益。
審計處指出，依農業發展條例第3條及其施行細則第2條規定，耕地屬農業用地，供農牧及其相關設施使用。高雄市政府處理被占用市有不動產作業要點規定，市有不動產被占用，管理機關得通知自行拆遷或騰空返還，並應向占用人追收自開徵日起前5年之使用補償金，但占用期間未滿5年者，依實際占用期間追收。地政局經管市有耕地主要出租供農牧使用，倘發現承租人違規使用，須限期改善或終止租約，另考量經管耕地筆數眾多，且分散各行政區，為便於管理，委託各區公所代管原鄉鎮市有耕地，前高雄縣及原高雄市有耕地則由地政局自行管理。
然而，審計處於104年10月查核發現，自市縣合併後歷時近5年，地政局囿於人力及市有耕地分散各行政區，實地巡查耕地比率僅分別達總筆數、面積之3.24％、19.40％，計167筆未出租耕地遭占用興建房屋、寺廟或墳墓等，且未對占用人追收使用補償金，及56筆已出租耕地亦遭承租人違規作非農牧使用情事，審計處遂分別於105年6月及109年5月函請地政局研謀改善，並不定期回復改善情形。
審計處表示，經追蹤改善情形，地政局已自105年7月起積極巡查耕地使用現況，限期承租人改善違規使用，排除占用並追收使用補償金，截至109年底止，已全數完成現況巡查，排除占用與改善違規使用計118筆耕地，約52.91％，追收使用補償金741萬餘元，並賡續清理占用案件及不定期巡查，以維護公產權益。