行政院農業委員會（下稱農委會）為降低農業灌溉渠道受污染風險，循序推動3階段之搭排管制措施，經審計部教育農林審計處查核發現，各農田水利會（109年10月1日改制為農田水利署管理處，下稱農田水利處）核准搭排許可年數欠缺一致標準，且未考量部分灌區內工業興盛存有水質檢測不合格等高風險因子，仍核予較長之許可年數等情事，經函請檢討改善，已降低高風險者搭排年數及滾動調整搭排管制措施，以維護灌溉用水品質及農作物安全。
審計處指出，農委會評估灌溉渠道受污染潛勢因子，循序推動3階段之搭排管制措施，106至109年度屬第2階段實施期程，主要係加強監控工業、畜牧業、屠宰業等事業類既有搭排戶之排放水質及輔導改排事宜，且不再受理新申請之事業搭排戶，期能有效管控各類事業廢（污）水直（間）接排入灌溉渠道，降低灌溉水受污染風險。
然而，審計處於108年11月查核發現，桃園等14個農田水利處同意申請搭排者合計15,949戶，事業類搭排戶107年1月至108年8月排放水質檢測不合格者計117戶次，平均許可搭排年數4.96年，其中以桃園11.27年最長、石門9.25年次之，惟桃園及石門灌區內工業興盛存有水質檢測不合格等高污染風險因子，仍核予較長之許可年數，受污染風險較其他灌區高。審計處遂於109年2月函請農委會督促檢討改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，農委會於109年11月17日發布農田灌溉排水管理辦法，明定一般家戶及農舍以外搭排戶之搭排年數不得超過5年，並提高灌溉水質檢測標準及滾動調整第3階段搭排管制措施，以維護優質農業生產環境。