高雄市政府經濟發展局(下稱經發局)職掌工廠管理與輔導業務，審計部高雄市審計處查核發現，輔導未登記工廠家數偏低，且未持續監控解除列管工廠之後續使用情形，亦未掌握工廠污染資訊妥慎管制，甚有新增未登記工廠等情事，經函請研謀改善，已大幅提升未登記工廠之輔導及納管件數，納管階段並納入污染評估，持續列管更新工廠現況，並建立用電監控機制，掌握解除列管工廠原址使用狀況，逐步落實未登記工廠之管理。
審計處指出，為落實未登記工廠之管理與輔導，經發局依據工廠管理輔導法，應訂定期限輔導非屬低污染之既有未登記工廠業者轉型、遷廠或關廠，或低污染之既有未登記工廠業者應申請納管，提出工廠改善計畫；另105年5月20日後新增之未登記工廠，應即依法停止供電、供水及拆除。
然而，審計處於109年3月查核發現，高雄市境截至109年2月底止，未登記工廠約3千9百餘家、面積615公頃，其中位處農業或住宅區約1千7百餘家、面積544公頃，約占88.46％，恐造成鄰近居民生命財產安全隱憂，惟經發局105至108年度輔導工廠登記或遷廠家數僅344家，占總家數8.76％，輔導成效尚待加強，又部分未登記工廠建築物拆除後，於原址新建類似廠房之建築物，且用電異常，因該局未持續監控列管後續使用情形，錯失即時遏止新增未登記工廠違規使用土地之契機，稽查及輔導作業尚欠落實，審計處遂於109年6月函請經發局研謀改善。
審計處表示，經追蹤改善情形，截至109年12月底止，經發局已舉辦32場巡迴講習、查處未登記工廠並勒令停工4家、核准特定工廠947家、已納管未登記工廠322家，件數已大幅成長，納管階段並由環境保護局納入污染評估；另就非屬工廠範疇或未達工廠規模等疑似新增未登記工廠，督促裝設先進讀表基礎設施電表(AMI)，以建立用電監視機制，防止後續轉作違章工廠使用，逐步落實未登記工廠管理與輔導業務。