臺南市政府交通局(下稱交通局)建置臺南轉運站並委外經營管理，經審計部臺南市審計處查核發現，轉運站周邊無障礙坡道出入口及公車候車亭告示牌前置放大型障礙物或座椅設施，不利身心障礙者通行使用，經函請研謀改善，已調整置放地點，維護身心障礙者使用權益。
審計處指出，交通局為提供民眾便捷轉運服務，107年度斥資1億1,626萬餘元建置臺南轉運站，於108年6月完工並於109年1月委託廠商營運管理，又為打造無障礙環境，設置無障礙坡道、廁所及身心障礙者專用停車位等設施，便利身心障礙者通行使用。
然而，審計處於109年9月查核發現，臺南轉運站周邊間有無障礙斜坡道出入口遭置放垃圾桶，及公車候車亭之告示牌前設置坐椅等情事，不利使用輪椅之身心障礙者出入及查詢公車路線資訊，審計處遂於109年12月函請交通局研謀改善。
審計處表示，經該處追蹤改善情形，交通局已於110年1月將無障礙斜坡道出入口之垃圾桶移置他處，並調整公車候車亭之告示牌前坐椅位置，以維護身心障礙者行的便利及安全。