科技部與台灣糖業股份有限公司(下稱台糖公司)合作開發高雄園區(原名為路竹基地)，審計部查核發現，台糖公司分回之住宅社區用地因欠缺開發誘因，長期閒置，經函請科技部檢討改善，已將台糖公司分回用地變更為產業用地，並出租9.74公頃，有效發揮土地合作開發效益。
審計部指出，科技部考量臺南園區已無足夠用地可供半導體等業者建廠使用，報經行政院於90年4月核定開發高雄園區，由科技部與台糖公司合作開發，台糖公司提供541.28公頃土地、科技部自行取得28.71公頃土地，並由科技部開發後，雙方就分回土地分別依據科學園區設置管理條例規定辦理營運。
然而，審計部於105年10月查核發現，台糖公司分回之住宅社區用地32.48公頃，因僅能出租或出售予科學園區內廠商及從業人員，加以園區引進就業人數未如預期，欠缺開發誘因，自99年6月公共設施開發完成後迄至106年10月底止，閒置已逾7年，審計部遂於107年2月函請科技部審酌環境因素變遷共同研謀善用該等土地，以發揮土地合作開發效益。
審計部表示，經追蹤改善情形，科技部已於108年1月完成高雄園區第6次開發計畫變更，將原住宅社區用地變更為產業用地，截至109年底止，可供出租土地面積19.51公頃，已出租9.74公頃，每年租金收入2,326萬餘元，並預計可吸引廠商投資151億元、提供就業人數3千餘人，有效發揮土地合作開發效益。