交通部所屬機關(構)執行各類重大交通公共建設，經審計部交通建設審計處查核發現，部分為應實際需要於驗收完成前先行啟用，有驗收行政效率不彰，及衍生履約爭議或增加公帑支出等情事，經函請檢討改善，已建立標準作業程序，強化內部控制制度，提升治理效能。
審計處指出，行政院公共工程委員會(下稱工程會)於106年3月31日修正「標準化作業流程及控制重點-採購業務」之「驗收」作業項目範例，嗣經交通部轉知所屬機關(構)視業務性質，於有效控制及符合法令規定情形下，合宜彈性調整該項標準化作業流程、控制重點與自行評估表。
然而，審計處於109年5月查核發現，交通部所屬機關(構)執行各類重大交通公共建設，先行啟用(營運)歷時1年以上，仍未完成驗收(含部分驗收或分段查驗)者，計有8案，其中臺灣桃園國際機場股份有限公司(下稱桃機公司)「場面土建施工第一標(南跑道、周邊滑行道及過夜機坪工程)」因未辦理分段查驗及驗收作業效率不彰，致其中S及S1滑行道全段衍生履約爭議，經工程會調解結果須額外支付廠商道面修繕費用8,910萬餘元，並歷時3年4個月始完成驗收，另部分所屬機關(構)迄未參照上開工程會訂頒「驗收」作業項目範例，訂定合宜有效之內部控制制度，審計處遂於109年6月函請交通部督促研謀改善。
審計處表示，經該處追蹤改善情形，交通部已要求所屬機關(構)於施工過程即完備各項竣工前準備資料以利正式驗收之用，另桃機公司等8個工程機關(構)已陸續檢討訂定(修正)「工程竣工驗收外部標準作業程序書」等10項驗收相關之標準作業程序(詳附表)，強化內部控制制度。