交通部鐵道局（下稱鐵道局）辦理臺鐵南迴臺東潮州段鐵路電氣化計畫（下稱臺鐵南迴電氣化計畫），經審計部交通建設審計處查核發現，部分主體工程營建剩餘土石方（下稱餘土）於發包前未優先以挖填平衡或土方交換方式設計，經函請檢討改善，已檢討於施工階段改採土方交換，減省公帑支出，有效發揮餘土利用機制。
審計處指出，依公共工程及公有建築工程營建剩餘土石方交換利用作業要點第4點規定：「為加強營建剩餘土石方之妥善處理，其優先順序如下：（一）挖填平衡。（二）土方交換。（三）運送至收容處理場所……。」第12點規定：「主辦機關應於協調後將協調結果納入工程發包文件及工程預算內，辦理工程發包作業。」
然而，審計處於107年3月查核發現，鐵道局為南迴鐵路電氣化工程之金崙站至臺東站段原線鐵路改善工程及新建利嘉溪橋雙軌工程，辦理「C712B標金崙臺東段土建及一般機電工程」（下稱C712B標），契約金額17億3,900萬元，該案採購契約詳細價目表編列餘土處理（含遠運約30公里處理費用）數量及購土處理數量各約2.4萬立方公尺，惟未依上開規定，檢討利用餘土於工程內調配使用或透過營建剩餘土石方資訊服務中心進行土方交換，以撙節土方處理及購置費用支出，審計處遂於107年5月函請交通部督促研謀改善。
審計處表示，經該處追蹤改善情形，鐵道局已檢討於後續施工階段進行土方平衡管制外，並召開土方供需調配協調會議，由鄰標（C712A標）提供C712B標餘土需求，據110年1月統計改採土方交換後，減省公帑支出1,582萬餘元；另該局後續設計案將依公共工程及公有建築工程營建剩餘土石方交換利用作業要點辦理，以有效發揮餘土利用機制。