澎湖縣政府公共車船管理處(下稱車船處)提供陸上及海上運輸服務，並確保所屬公車及交通船行駛安全，經審計部臺灣省澎湖縣審計室查核發現，車船處未依規定採驗駕駛人及船員尿液進行毒品篩檢，經函請檢討改善，已於108年及109年完成毒品篩檢。
審計室指出，依據毒品危害防制條例第33條、特定人員尿液採驗辦法第3條及第5條規定，主管機關每年應對所屬市區汽車客運業及公路汽車客運業職業駕駛人、服務於船舶上之所有人員，實施不定期檢驗尿液，其抽檢率每年應達25％以上。但連續兩年之陽性檢出率均低於1％時，其抽檢率可降低至10％。
然而，審計室於108年1月查核發現，車船處未依規定對所屬公車駕駛人61人及南海之星及南海之星2號船員19人進行毒品篩檢，審計室遂於108年5月函請車船處積極檢討改善。
審計室表示，經該室追蹤改善情形，車船處已將駕駛人及船員毒品篩檢納入每2年1次之身體健康檢查項目，108年及109年篩檢人數分別為35人及45人，占全體駕駛人及船員80人，分別為43.75％及56.25％，皆達上揭法令規定比率，以維護公車行駛及船舶航行安全。