太魯閣國家公園管理處(下稱太管處)辦理太魯閣國家公園預先評估環境影響審查作業，經審計部查核發現，未積極管控申請案件之開工情形及施作內容等審查、許可作業，衍生未經許可而擅自施工情事，致特殊自然地理景觀遭到破壞，經函請檢討改善，已訂定相關作業規範及控管機制，保護國家特有自然資源與特殊景觀。
審計部指出，太管處依國家公園法等相關規定辦理國家公園區域內開發利用行為之審查、許可作業，經統計自106年至108年10月辦理開發利用行為、許可件數合計76件。
然而，審計部於108年11月查核發現，交通部公路總局第四區養護工程處太魯閣工務段(下稱太魯閣工務段)辦理台14甲線37K附近邊坡保護及路幅開挖工程，施作位置位於太魯閣國家公園特別景觀區內，於108年3月25日檢送預先環評申報書向太管處申請開工許可，較申報書所載預定開工日延遲7日，惟太管處未能及時釐清太魯閣工務段實際開工日期及主動追蹤工程施作情形，任令太魯閣工務段繼續施作，嗣內政部營建署接獲民眾電話陳情，太管處始於同年5月2日函請太魯閣工務段立即停工並處以罰鍰，已造成特殊自然地理景觀無法回復原狀，經於108年12月函請內政部營建署檢討改善。
審計部表示，經該部追蹤改善情形，太管處為建立園區範圍申請開發案件之許可機制，已於109年3月4日訂定「太魯閣國家公園管理處受理國家公園法第十四條及第十六條申請案件審查作業須知」，並納入控管機制，詳實規範並強化各項作業流程，以利遵循及控管，保護國家特有自然資源與特殊景觀，促進環境永續發展。