前臺南縣政府(縣市合併後為臺南市政府)於94年規劃開發龜丹溫泉區，經審計部臺南市審計處106年間查核發現，該溫泉區開發時程歷時12年，因規劃未盡周延且經費不足，致多項設施未施作，難以吸引遊客及廠商進駐投資，自營運後即連年虧損，經函請檢討改善，已積極行銷推廣，提升溫泉區能見度及吸引力，改善營運績效。
審計處指出，前縣府為促進轄內龜丹村溫泉發展、保育及永續利用，自94年起辦理臺南縣龜丹溫泉整體開發計畫及龜丹溫泉儲存槽及周邊設施工程。縣市合併後由臺南市政府觀光旅遊局承接辦理，100年1月28日取得溫泉開發許可，並經交通部於101年12月5日核定管理計畫，溫泉區劃設面積約82公頃，94至106年間陸續投入開發費用4,658萬餘元。
然而，審計處於106年5月查核發現，該溫泉區開發未依規定擬具財源籌措方案即進行相關工程，嗣因財源不足致開發期程歷時12年，原規劃之設施仍有多項未施作，未達開發計畫之經濟規模，無法吸引遊客前來及廠商進駐投資，自102年開始營運後3年餘，僅有3家業者進駐，迄至105年底所收取溫泉使用費收入合計僅86萬餘元，尚不敷支應相關人力及維護成本而連年虧損，審計處遂於106年7月函請臺南市政府檢討改善。
審計處表示，經該處追蹤改善情形，臺南市政府觀光旅遊局已積極辦理相關行銷推廣措施，並輔導廠商推出溫泉周邊商品上市販售，提升遊客來園意願及潛在投資業者誘因，進而帶動周邊產業活絡，除龜丹溫泉體驗池委外廠商於該溫泉區投資湯屋並於108年1月26日營運，及陸續增加2家業者進駐經營；109年度溫泉使用費收入75萬餘元，較105年度之35萬餘元，增加39萬餘元，成長幅度逾1倍，營運績效已顯著改善。