審計部臺灣省花蓮縣審計室(下稱花蓮縣審計室)查核發現，花蓮縣政府補助花蓮區漁會重建魚市場大樓，惟工程延宕逾5年仍未啟用，又漁港碼頭與部分泊地遭堆置大量魚網(具)及其他廢棄物，影響裝卸作業及整體環境，經促請研議改善，魚市場大樓已完工啟用，並完成漁港周邊堆置之漁網(具)及其他廢棄物之清理作業，改善港區整體環境。
花蓮縣政府依漁港法第4條等規定負有花蓮漁港之基本及公共設施管理及維護權責。花蓮魚市場建物年久失修，該府依花蓮區漁會提報「花蓮魚市場重建工程」計畫核轉行政院農業委員會漁業署於103年5月15日核定補助經費5,000萬元(中央及縣府分別補助3,750萬元及1,000萬元)，計畫期限為103年12月。花蓮縣審計室於108年11月查核發現，因漁會發包作業延宕、訂定逾期違約金上限過低及決標後未依規定將合約單價依法調整，而有先期施作項目價格較高，後期項目價格較低情形，肇致廠商未積極施工，嚴重逾期而終止契約，須由漁會自籌經費施作未完工項等因素，致魚市場延宕逾5年仍未完工啟用，漁民長期於臨時魚市場拍賣魚貨，影響行車及運輸動線；另經實地勘查結果，漁港之北泊地及外泊地遭堆放漁網(具)及廢棄物，影響裝卸作業及整體景觀，經於109年3月5日函請研謀改善。
嗣經花蓮縣審計室追蹤改善結果，花蓮縣政府已督導協助花蓮區漁會取得魚市場大樓使用執照，並於109年7月1日完工啟用；另委託花蓮區漁會辦理花蓮漁港碼頭廢棄物品清除計畫，已清理漁港周遭堆置之漁網(具)及其他廢棄物，改善港區整體環境，加強宣導漁民維持漁港環境清潔。