審計部審核發現，經濟部標準檢驗局(下稱標檢局)遲未就已研提之再生能源憑證申請及管理作業程序修正草案發布施行，且未計收相關規費，績效目標訂定寬鬆，經函請標檢局檢討妥處，相關規定已發布施行及計收規費，並修正憑證交易目標，有利再生能源憑證申請、管理及交易。
標檢局為促進國內綠能產業發展，推動再生能源憑證制度，於107年4月19日訂頒自願性再生能源憑證申請作業程序(下稱自願性作業程序)，嗣於109年1月3日增訂商品檢驗規費收費辦法第19條之5規定驗證檢驗規費收取標準(施行日期由主管機關定之)。審計部審核發現，標檢局為增加再生能源憑證核發量，擴大憑證交易規模，已於108年4月研擬修正自願性作業程序，更名為再生能源憑證申請及管理作業程序，明確規範電能直供、轉供者之憑證核發事宜，惟修正草案遲未發布施行；又遲未訂定驗證檢驗規費收取標準施行日期，未落實使用者付費原則。另再生能源憑證自106至108年間平均年交易量已逾1,800張，惟109年度交易目標僅訂定為1,000張，目標略顯寬鬆，難以發揮激勵效果，經審計部於109年4月22日函請標檢局檢討妥處。
嗣經審計部追蹤改善結果，標檢局已修正發布再生能源憑證申請及管理作業程序，自109年7月1日開始徵收再生能源憑證驗證檢驗之相關規費，並將線上競標憑證數量目標由全年度1,000張增加至每競標場次1,000張，有利再生能源憑證申請、管理及交易。