審計部查核發現，移民署未依規定覈實辦理役男出境逾期通報作業，又部分鄉(鎮、市、區)公所（下稱公所）未確實列管役男入出境動態與出境就學之清查，經函請內政部督促移民署、役政署檢討改善，業經完成戶役政資訊系統版本更新作業，由系統自動傳送入出境通報及產製警示資料，改善通報及列管機制。
依役男出境處理辦法規定，役男出境須向市縣政府、戶籍地公所或移民署等權責機關申請核准；未於核准出境期限返國者，由移民署通知相關市縣政府，並由公所以公文進行催告程序。另役政署訂定「役男出境及出境就學清查作業要領」，請各公所辦理出境就學役男清查作業，並針對未補具相關在學證明者進行催告。審計部調查發現，104至106年間部分役男出境逾期，移民署未依規定通報或延遲通報；部分公所亦未就該等出境逾期役男進行催告或催告延遲，且未依規定通報移民署限制逾期返國役男當年或次年度出境，並駁回役男出境申請。又部分公所長年未確實清查並列管役男學歷資格，致延宕催告作業等。相關管控作業存有疏漏，潛存役男規避兵役義務之風險，恐違兵役公平，經於107年6月函請內政部督促役政署、移民署檢討改善。
嗣經審計部追蹤改善情形，役政署已於108年3月更新戶役政資訊系統版本，由系統依據移民署傳送之入出境通報，自行製作逾期名冊每日通報各公所，俾利公所進行催告作業，並針對逾期返國或未歸者，自動產生管制出境註記，限制役男再次申請出境；此外，系統於役男逾出境就學年限時，亦可自動產生警示提醒役政人員進行清查，以催告役男返國履行兵役義務。截至109年4月底止，各該新增功能已使用逾年，據役政署表示，確有助改善通報及列管機制，通報及清查作業疏漏或延遲等情事已明顯減少。