審計部臺灣省南投縣審計室(下稱南投縣審計室)查核發現，南投縣政府稅務局(下稱稅務局)辦理地價稅及房屋稅稽徵作業，部分非供農業使用之農地未改課地價稅，或部分臨時登記工廠房屋稅課稅總面積少於廠房面積，經促請檢討改善，已依法補徵稅額426萬餘元並釐正稅籍資料，落實稅源掌握及維護租稅公平。
依土地稅法第14條及第16條規定，已規定地價之土地，除課徵田賦者外，應課徵地價稅；及地價稅基本稅率為千分之十。又依財政部79年6月18日函釋，課徵田賦之農業用地，在依法辦理變更用地編定或使用分區前，變更為非農業使用者，應自實際變更使用之次年期起改課地價稅；另房屋稅條例第3條規定，房屋稅，以附著於土地之各種房屋，及有關增加該房屋使用價值之建築物，為課徵對象。南投縣審計室於107年11月運用電腦輔助稽核軟體及地理圖資系統，勾稽稅務局提供之臨時登記工廠、核課地價稅及房屋稅等相關資料發現，部分課徵田賦(目前停徵)之農地已供作倉儲、零售批發及製造使用，未依規定改課地價稅，或臨時登記工廠房屋稅之課稅總面積少於實際使用廠房面積，經於108年1月21日函請檢討改善。
嗣經南投縣審計室追蹤改善結果，稅務局自108年1月至109年4月底止，已完成清查並辦理稅籍釐正，補徵地價稅及房屋稅753件，金額426萬餘元，未來並將運用地理資訊系統等資訊科技，加強地價稅及房屋稅稅籍資料之清查工作，以維護租稅公平。