審計部交通建設審計處查核發現，臺灣鐵路管理局(下稱臺鐵局)研擬跨站式站房審查作業要點過程，因尚有多項疑義，歷經10個月餘檢討修正仍未獲核定，致無法引導地方政府優先推動鐵路車站所在之舊都心區域或新興開發區建設，經促請檢討改善，審查作業要點已發布實施，作為鐵路站區與毗鄰地區開發依據，以改善鐵路設施對都市發展造成之阻隔，並節省建設經費。
鐵路立體化建設經費龐大且加重臺鐵局後續營運維修成本，交通部為期地方政府能從都市整體發展角度出發，審慎思考鐵路立體化之必要性，於107年2月修正「鐵路平交道與環境改善建設及周邊土地開發計畫審查作業要點」第5點第2款第1目規定為「地方政府所提改善方案，應優先具體量化評估設置智慧型平交道安全控制系統、車輛改道、公路立體化及鐵路車站跨站式站房等優先改善方案，若皆不可行，始評估鐵路立體化之必要性與可行性。」又修正期間，交通部於106年9月囑臺鐵局另案研擬配套之「鐵路站區立體連通廊道與平台建設及毗鄰地區開發計畫審查作業要點」(下稱鐵路立體連通審查要點)。交通建設審計處108年2月查核發現，臺鐵局已研擬鐵路站區立體連通審查作業要點草案，歷經10個月餘尚在檢討修正，迄108年1月底尚未經交通部核定，致未能透過該要點引導地方政府優先推動鐵路車站所在之舊都心區域或新興開發區作整體之規劃與開發，及申請立體連通廊道與平台建設取代鐵路立體化，經於108年3月建請加速法制作業。
嗣經交通建設審計處追蹤改善結果，鐵路立體連通審查要點已於108年8月8日發布施行。新竹市政府為建立串聯新竹火車站前後車站之跨站平台取代立體化工程，已依上述規定提出「新竹大車站計畫可行性研究案」，並獲行政院於109年3月31日核定，後續將啟動綜合規劃作業。