審計部查核發現，環境保護署(下稱環保署)為提升河川水質淨化，積極推動畜牧糞尿沼液沼渣再利用政策，惟尚有9成之養豬場尚未依規定取得農業主管機關核發之沼液沼渣作為農地肥分使用同意等情事，經函請該署檢討改善。該署已持續提供地方政府媒合畜牧業施灌農地、檢測沼液沼渣成分及土壤與地下水品質，及撰寫沼液沼渣農地肥分使用計畫書等多項改善措施。
環保署為改善河川污染，同時落實畜牧糞尿循環經濟回收氮肥政策，參酌國外畜牧糞尿資源化作法，推動畜牧糞尿資源化利用策略，於104年11月24日修正水污染防治措施及檢測申報管理辦法，增訂沼液沼渣農地肥分使用專章，畜牧業者應經農業主管機關同意，始能將沼液沼渣作為農地肥分使用；復於106年12月27日增訂畜牧廢水資源化處理比率，以調適資源化利用法規程序與限制，擴大推動畜牧糞尿資源利用。據該署統計，105至107年度累計已有490場畜牧場取得沼液沼渣作為農地肥分使用同意，每年施灌量161萬公噸，資源化利用比率5.58％，超逾107年度累計完成350場取得肥分使用同意、每年施灌量150萬公噸及資源化利用比率5％之年度計畫目標，已獲致初步成效。
審計部派員調查執行情形發現，依106年12月27日修訂水污染防治措施及檢測申報管理辦法第46條之1規定：「……（一）飼養豬隻2,000頭以上或牛隻500頭以上之畜牧業，其畜牧糞尿資源化處理比率，自106年12月27日起5年內應達總廢水產生量5％、10年內應達總廢水產生量10％。（二）飼養豬隻20頭以上未滿2,000頭或牛隻40頭以上未滿500頭之畜牧業，其畜牧糞尿資源化處理比率，自106年12月27日起8年內應達總廢水產生量5％、12年內應達總廢水產生量10％。……。」惟據財團法人中央畜產會「養豬頭數調查報告」列載，截至107年11月底止，臺閩地區養豬場數計7,241場，其中養豬頭數達2,000頭以上計504場，未滿2,000頭計6,544場，雖已有490場畜牧場依上開規定取得沼液沼渣作為農地肥分使用同意，卻僅占養 豬場數（不含出清193場）之6.95％，比率未及1成，為如期達成畜牧糞尿資源化，經於108年6月5日函請環保署賡續協調各地方政府積極推動輔導畜牧業者申請沼液沼渣作為農地肥分使用，以減少畜牧廢水造成河川污染情形，達成改善河川水質目標。
案經審計部追蹤改善情形，環保署鑑於全國養豬頭數在2,000頭以下之畜牧場占91.7％，考量小型畜牧場欠缺廢水處理技術及人力，已提出多項對畜牧場優惠政策，包括作為資源化利用之沼渣沼液施灌量免繳納水污染防治費；推廣初期由專人全程免費協助撰寫沼液沼渣肥分使用計畫書、檢測沼液沼渣成分及土壤與地下水品質等，並且協助媒合農地及送審事宜；示範補助購置沼液沼渣集運施灌車輛及農地貯存桶；示範補助畜牧糞尿大場帶小場或集中處理等，截至108年底止，全國已有774場牧場取得沼液沼渣作為農地肥分使用同意，1,022家畜牧場採取畜牧糞尿資源化利用，畜牧糞尿資源化已達18.9％，推動畜牧糞尿資源化利用已顯現具體成效。