審計部查核發現，科技部所屬新竹、中部及南部科學園區管理局(下稱竹科、中科及南科管理局)計收園區事業公共設施建設費用之基準不一，經函請科技部督促研謀妥處，已於108年10月24日修訂租金單價計算方式及公共設施建設費用計入原則，齊一計收基準，增加基金收益。
依科學園區設置管理條例第13條第4款規定：「園區事業得依其需要向管理局申請租用園區土地，除應付租金外，並應負擔公共設施建設費用。」又依同條例施行細則第10條規定：「……所稱公共設施建設費用……承租土地者應按實際發生成本，依其承租面積占園區基地內可出租土地面積之比率，分20年逐年攤還。」另科技部為使各科學園區管理局計收公共設施建設費用之原則一致，責由竹科管理局訂定租金單價計算方式及公共設施建設費用計入原則，依該計入原則第2點規定，公共設施建設費用以竣工決算之工程金額為計收基準。審計部查核發現，各科學園區管理局計收園區事業公共設施建設費用基準不一，其中竹科管理局係以竣工之公共設施工程轉列財產決算金額，加計5％營業稅後之金額分攤計收，中科及南科管理局則未加計5％營業稅分攤計收，經於108年6月4日函請科技部督促研謀妥處，並強化計收基準作業規範。
嗣經審計部追蹤結果，竹科管理局已於108年10月24日修訂租金單價計算方式及公共設施建設費用計入原則，明確規範公共設施建設費用以竣工決算之工程金額，加計5％營業稅後金額分攤計收，中科及南科管理局於108年底辦理公共設施建設費用調整，新增納入公共設施工程按修訂原則計收，增加科學園區管理局作業基金收益5,595萬餘元。