審計部查核發現，經濟部水利署（下稱水利署）所屬河川局未確實依照最新河床沖淤變化情形，檢討撰擬河川整體疏濬評估計畫書，影響後續規劃疏濬河段之妥適性；又未訂定土石標售案廠商停權之公告及通報方式，致有不良廠商仍持續得標其他土石標售案件，經建請經濟部督促研謀改善，水利署已就河川整體疏濬評估計畫重點項目訂定自主檢查表，並於「疏濬管理系統」建置拒絕往來廠商登錄查詢系統，有利河川治理規劃及健全標售秩序。
水利署為妥善辦理河川疏濬作業，訂定「河川水庫疏濬標準作業規範」要求所屬各河川局每年依據歷年河床變動情形、河道斷面測量數據及水理分析結果，規劃疏濬河段之優先順序及疏濬土石數量，擬訂河川整體疏濬評估計畫。審計部查核發現，部分河川局於撰擬評估計畫時，卻引用過時之河道測量成果資料，未確實依照最新河床沖淤變化情形，檢討調整計畫書，影響後續規劃疏濬河段之妥適性；又水利署所屬各河川局辦理土石標售案，未規範不良廠商之公告及通報方式，致有部分廠商得標後聯合棄標，卻仍持續參與其他土石標售案並得標承攬，顯欠公平合理，經於108年6月18日函請經濟部督促水利署研謀改善。
嗣經審計部追蹤改善結果，水利署已於108年10月22日就河川整體疏濬評估計畫之重點項目訂定自主檢查表，檢查項目包含「歷年各河段大斷面及地形測量資料蒐集」是否引用最新測量成果資料等，通函各河川局遵循；及於108年11月在「疏濬管理系統」建置拒絕往來廠商登錄查詢系統，供各河川局登錄查詢，並於「河川便利通」網站公開相關資訊，提供其他機關及各界參考，有利提升河川治理規劃品質及健全土石標售作業秩序。