審計部臺灣省澎湖縣審計室(下稱澎湖縣審計室)查核發現，澎湖縣政府暨所屬機關未能考量業務之風險性與重要性，遲未訂定內部控制制度且推動進度緩慢，經促請檢討改善，該府暨所屬機關已於108年12月完成內部控制制度訂定，以強化內部管理，降低錯誤與舞弊。
澎湖縣政府為健全該府及所屬各機關、學校內部控制，提升整體施政效能與達到興利防弊功能，於104年12月28日訂定「澎湖縣政府內部控制推動及督導小組設置要點」，嗣於105年3月1日成立內部控制推動及督導小組，同年4月14日函頒澎湖縣政府強化內部控制實施方案，合理確保政府施政目標之達成，維護財物及資料安全，減少人為疏失造成損失及降低錯誤與舞弊，以健全財務紀律。澎湖縣審計室於106年3月查核發現，該府及所屬11個機關均尚未設計內部控制制度，並據以實施，核有推動內部控制進度落後情事，經分別於106年5月18日、107年5月25日及108年5月28日函請積極推動及實施內部控制制度，以強化內部管理與提升整體施政效能。
嗣經澎湖縣審計室追蹤改善情形，該府已積極辦理內部控制制度設計，以利該府所屬機關學校共同遵循與執行，截至108年12月底止，澎湖縣政府暨所屬機關皆已訂定內部控制制度，強化內部管理，降低錯誤與舞弊。