審計部審核發現，各主管機關對轄管民間捐助之財團法人業務監督，間有查核密度懸殊，且查核結果公開未盡周延情事，經函請行政院督促權責機關研謀改善，業經法務部召集相關機關會商，並就民間捐助之財團法人查核密度及查核結果公開原則作成決議，強化監督機制。
依民法第32條規定：「受設立許可之法人，其業務屬於主管機關監督，主管機關得檢查其財產狀況及其有無違反許可條件與其他法律之規定。」亦即主管機關對於民間捐助之財團法人有監督及檢查權。審計部審核發現，民間捐助之財團法人分屬19個中央主管機關監督，103至107年度外交部等7個部會尚未依民法第32條規定辦理實地查核，至於已辦理實地查核者，計有經濟部等12個部會(行)，其中查核密度（查核家數／轄管家數）最高者100％，最低者3.85％，且查核結果公開及未公開者各6個機關，處理方式未盡周延，經於108年7月15日函請行政院督促權責機關研謀改善。
嗣經審計部追蹤改善結果，法務部已於108年8月22日召集相關機關會商，並就民間捐助之財團法人實地查核密度及查核結果公開原則作成決議，其中經主管機關依財團法人法第63條規定指定為加強監督者，比照政府捐助之財團法人查核作法，每3年至少辦理1次實地查核，並將查核結果公開於網站上；其餘由主管機關先行書面查核，如有必要時，再進行實地查核，並得公開辦理實地查核家數，至所查核財團法人之名稱及內容則由主管機關審認有否公開之必要，以強化監督機制。