審計部交通建設審計處(下稱交通建設審計處)查核發現，交通部臺灣鐵路管理局(下稱臺鐵局)辦理後勤支援管理系統(MMIS)及成本管理資訊系統(CMIS)採購作業，未要求立約商訂定整體開發進度時程表及整合驗收測試里程碑，並依照契約規定系統完成順序執行，導致二系統開發建置案歷經6年餘並已耗費公帑2億7,447萬餘元仍未完成，影響維修效能，經陳報監察院，業由該院糾正臺鐵局。
臺鐵局為結合後勤支援管理各子系統協同運作，以列車財產生命週期管理，精確掌握車輛總維修成本，提高車輛維修與保養品質等效益，於99年間規劃建置MMIS系統。同期間為配合國際會計準則(IFRS)實施，亦規劃辦理CMIS系統。該局為避免重複建置、減少系統介面及相容性問題，於100年11月17日將二系統併案公告招標，決標金額4億158萬元，101年2月14日簽約，CMIS、MMIS系統分別預定於103年2月13日、104年8月11日完工。
交通建設審計處於107年11月間查核發現，臺鐵局未於系統規劃時要求立約商訂定整體開發進度時程表及整合驗收測試里程碑作為整體進度控管及檢討依據，復未督促立約商依照契約規定系統完成順序執行，造成MMIS系統完成後無法介接進行驗收測試及上線，自簽約至終止契約日止，歷經6年9個月，二系統已耗費公帑2億7,447萬餘元仍未完成，無法改善既有之機務檢修系統及材料輸補系統，影響維修效能；CMIS系統開發進度嚴重落後，臺鐵局僅消極召開檢討會議督促立約商改善實測缺失，致系統建置持續延宕，且迄未依契約規定收繳立約商逾期違約金；臺鐵局及專案管理公司審查MMIS系統相關文件作業天數，超過契約規定甲方審查合理天數達236天，審查作業效率不彰。嗣於107年12月通知交通部查明妥處並陳報監察院，案經監察院立案調查後，於108年12月13日糾正臺鐵局。（詳監察院公報第3160期）