審計部審核發現，政府捐助之財團法人數量及捐助(贈)基金規模龐鉅，加重政府財政負擔，經函請行政院督促權責機關研謀改善，相關主管機關已針對轄管政府捐助之財團法人，強化績效考評，並啟動或研議整併、解散或轉型等作業，以增進財務自主與營運績效，使政府挹注資金有效抑減。
行政院考量各主管機關挹注政府捐助之財團法人經費逐年成長，加重政府財政負擔，於103年4月17日函頒之104年度中央及地方政府預算籌編原則第4點第16款規定：「中央及地方政府各機關應積極檢討捐助財團法人之合理性及必要性，以減輕政府財政負擔。」審計部審核發現，106年度各主管決算編製之「對各部門捐助財團法人之效益評估表」列政府捐助之財團法人總計158個，基金總額2,667億餘元，其中政府捐助(贈)基金2,317億餘元，約占86.90％，數量及捐助(贈)基金規模龐鉅，以經濟部轄管財團法人40個居首，行政院農業委員會（下稱農委會）29個次之，衛生福利部16個再次之；106年度對該等法人補助及委辦經費則高達538億餘元，較102年度之476億餘元，增加62億餘元，5年間成長13.01％，其中以經濟部332億餘元最高，科技部72億餘元次之，農委會40億餘元再次之，顯示行政院雖已訂定相關規範，控管各主管機關對轄管財團法人捐(補)助及委辦經費，惟相關支出未減反增，經函請行政院督促權責機關研謀改善。
嗣經審計部追蹤改善結果，各主管機關已強化轄管政府捐助之財團法人績效考評；另法務部已訂定發布財團法人合併辦法，主管機關得依相關規定廢止轄管財團法人之許可、命其解散或輔導其辦理合併事宜；農委會、科技部、文化部及教育部，已針對部分轄管政府捐助之財團法人，啟動或研議整併、解散或轉型等作業，以增進其財務自主與營運績效，使政府挹注政府捐助財團法人之資金有效抑減，減輕政府財政負擔。