審計部交通建設審計處(下稱交通建設審計處)查核發現，各類交通工程建設難以避免對地質環境產生衝擊，造成生物棲地切割與劣化，惟交通部尚未建立完善之交通工程生態檢核機制，經建請研謀改善，已由相關機關針對主辦工程特性訂定相關生態檢核機制，俾利生態環境永續發展。
建造交通基礎設施難以避免對地質環境產生衝擊，造成部分路段生物棲地切割與劣化，對野生生物造成移動障礙或致死等問題，例如：苗栗縣台3線三灣鄉路段及台13甲線造橋等路段，發生多起瀕臨絕種之石虎疑似遭車輛撞擊死亡等事件。交通建設審計處於107年10月查核發現，交通部尚未依行政院公共工程委員會「公共工程生態檢核機制」（108年5月10日修正為「公共工程生態檢核注意事項」），就交通工程特性，研訂各類工程生態檢核執行參考手冊，以落實生態保育政策，經於107年10月17日函請研謀改善。
嗣經交通建設審計處追蹤改善結果，國道部分，交通部高速公路局已訂定「高速公路工程生態檢核執行參考手冊」，自108年3月6日起生效施行；省道部分，交通部公路總局已訂定「省道公路工程生態檢核執行參考手冊」，自108年7月起生效施行；鐵道部分，交通部鐵道局辦理新建工程案，已於環境影響評估作業之可行性研究程序、綜合規劃程序、重大公共工程證照許可及開工注意事項程序及環境保護檢查程序等相關文件，增列各階段配合生態檢核事項；港埠工程部分，臺灣港務股份有限公司已訂定「臺灣港務股份有限公司港埠工程生態檢核注意事項執行參考作業手冊」，自108年12月2日起生效施行，有利於生態環境永續發展。