審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)查核發現，臺南市政府農業局(下稱農業局)督導臺南市各魚市場辦理水產品檢測，惟部分魚市場未依規定訂定管理規章及魚貨衛生檢驗處理要點，未依規定檢驗頻率辦理魚貨衛生檢驗，及未將甲醛列入自主抽驗項目等情事，經函請研謀改善，已輔導魚市場訂定相關管理規定，及依規定檢驗頻率辦理魚貨衛生檢驗，甲醛已列入自主抽驗項目，以確保水產品衛生安全，維護消費者權益與健康。
依農產品批發市場管理辦法第8條規定，市場應訂定作業流程及管理規章，報由當地主管機關核備後實施；第56條規定，主管機關應輔導市場之經營管理，分別予以獎勵或督促改進。按世界衛生組織（WHO）公告，甲醛為一級致癌物，長期吸入恐增加罹患鼻咽癌、血癌風險，但甲醛因具有防腐特性，常被不肖商人添加於食物中。臺南市計有新營、佳里、青山港、將軍港、七股、臺南等6處魚市場，臺南市審計處於107年10月查核發現，新營及將軍港魚市場未訂定管理規章及作業流程、將軍港魚市場未訂定魚貨衛生檢驗處理要點、臺南魚市場未依自訂檢驗頻率辦理魚貨抽驗及未將甲醛列入水產品檢驗項目等情事，顯示農業局未本主管機關職責妥為督導各魚市場確實辦理自主檢查作業，影響消費者權益及健康，經於108年1月函請農業局妥適處理。
嗣經臺南市審計處追蹤改善結果，農業局已於108年3月分別輔導新營魚市場訂定作業流程及管理規章，將軍港魚市場訂定作業流程、管理規章及魚貨衛生檢驗處理要點，臺南魚市場修正進場魚貨衛生檢驗處理要點並將甲醛列入自主檢驗項目，及依規定檢驗頻率辦理抽驗，以確保水產品衛生安全，保障消費者權益與健康。