審計部臺灣省新竹縣審計室(下稱新竹縣審計室)查核發現，新竹縣政府衛生局，辦理輔導食品業者資料登錄情形不盡理想，食品衛生安全溯源及流向追蹤管理作業亦待強化，經促請研謀改善，該局已積極清查食品業者營業情形及輔導辦理資料登錄，登錄家數已大幅增加，且相關登載資料不齊全者亦已上網補正，另加強食品專案抽驗，落實溯源及流向管理，以確保食品安全。
新竹縣政府衛生局為加強食品安全監測及管控機制，已運用行政院建置之食品雲相關資訊系統辦理輔導食品業者資料登錄及食品衛生安全溯源與流向追蹤作業。新竹縣審計室於107年3月間查核發現，轄內應登錄食品業者總家數5,038家，仍有1,276家未登錄食品業者登錄平台列管、105家資料登錄資料不齊全；且該局未落實對抽驗不合格產品流向進行追蹤查處，亦未就違規產品辦理沒入銷毀等情，經於107年4月16日函請該局研謀改善。
嗣經新竹縣審計室追蹤改善結果，該局已積極函請業者辦理相關事宜，經統計截至108年10月底止，已清查食品業者營業情形計915家，除停歇業或查無商號372家外，已完成登錄543家；另資料不齊全已完成補正者計99家，提升食品雲資料建置之可用性。又截至108年10月底止，該局辦理食品專案抽驗466件，發現不合格者計9件，業已依規定移送轄管主管機關依法妥處或裁處罰鍰，加強食品溯源及流向管理，以確保食品安全。