審計部臺北市審計處(下稱臺北市審計處)查核發現，臺北市政府所屬機關辦理工程營建剩餘土石方交換利用之費用編列與計價方式，間有編列或支付處理費用逾收土機關公告費率情事，經促請檢討改善，已明訂處理費用編列方式並重新檢討計算扣回溢付款項，以有效建立管控機制及發揮節省公帑效益。
臺北市政府所屬機關透過營建剩餘土石方交換利用機制節省公帑，同時解決營建剩餘土石方棄置等問題，規劃將辦理公共工程所產出之土石方交換至「北投士林科技園區區段徵收公共工程－填土整地工程」及「臺北商港物流倉儲區填海造地計畫第2期造地工程」等2案工程。臺北市審計處於107年10月及108年3月間查核發現，截至107年12月止，預計交換土石方數量計約384萬餘立方公尺，該府工務局新建工程處等機關辦理工程營建剩餘土石方交換利用之費用編列與計價方式，核有未按收土機關公告處理費用覈實編列契約費用、未妥慎考量該等土方交換係由工程主辦機關間自行協調達成，仍按契約費用加計稅什費(含利潤)等支付予施工廠商，肇致溢付費用情事，經於108年1月及7月間函請檢討改善。
嗣經臺北市審計處追蹤改善情形，臺北市政府業於108年8月5日明定土石方交換利用之費用編列方式，規定工程主辦機關須依收土機關公告處理費用覈實編列處理費用，且不加計稅什費；截至108年11月止，上開溢付處理費用之工程主辦機關業依前揭處理費用編列規定重新檢討計算並扣回溢付處理費用計876萬餘元，有效發揮營建土石方交換利用機制節省公帑效益。