審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)查核發現，臺南市政府辦理農地違規使用案件稽查，間有未依規定辦理複查或裁罰，部分興建已久之農業設施與農舍未稽查，或未經農業局核准即核發建築執照等情事，經函請查明處理，已分期勘查八成違規使用案件，並輔導領取臨時工廠登記證、恢復作農業使用或依法裁罰，以達遏止違規使用之效果。
農業發展條例第32條規定，政府對農業用地之違規使用，應加強稽查及取締。臺南市農地面積計16萬餘公頃，臺南市政府執行農業用地檢查業務，對於查獲之違規使用案件通知土地所有權人或行為人限期改善，經區公所複查仍未從事農作或恢復原狀者，則列冊移由農業局、地政局及都市發展局等機關組成之稽查小組實地會勘，會勘結果仍未符農作使用，農業局移送會勘紀錄予地政局或都市發展局等機關依法裁處。臺南市審計處於103年12月查核發現，臺南市政府101至103年辦理農地使用稽查計3,818件，惟其中有66件違規使用未辦理複查、438件經稽查小組會勘確定違規使用未依區域計畫法或都市計畫法等規定裁處、11件農業設施與農舍已興建4至8年尚未列入稽查、26件未經農業局核准申請興建或容許使用，工務局已核發建築執照，且均有違規使用等情事，合計541件，經於104年3月函請查明依規定妥處，惟該府屢以案件數量眾多、人力不足為由，遲未辦理勘查，嗣於同年12月再函請該府排定清查期程儘速辦理。
嗣經臺南市審計處追蹤改善結果，臺南市政府自105年4月起陸續勘查，並分4期函報勘查結果，截至108年6月底止，彙報3期勘查結果計452件，約83.55％，其中148件已輔導領有臨時工廠登記證或恢復作農業使用，裁罰251件、金額計1,617萬元，已收繳860萬餘元，53件待地政局等機關辦理後續裁處；其餘89件將賡續勘查，並加強相關單位的人員訓練及業務橫向連繫，以達遏止違規使用之效果。