審計部桃園市審計處(下稱桃園市審計處)查核發現，桃園大眾捷運股份有限公司(下稱桃園捷運公司)未完成內部控制制度之研訂，內部控制規章未臻健全，經函請檢討改善，已訂定內部控制制度手冊，完備內部控制執行之準據，強化風險管理並健全公司治理。
依桃園捷運公司內部控制制度執行要點之總則、內部控制制度之設計及執行、內部稽查、自主巡檢及內部控制制度聲明書等各章，已規範應規劃設計涵蓋公司所有營運活動之內部控制制度，由全體同仁遵循，以促進公司健全經營之規定。桃園市審計處於民國(下同)106年4月查核發現，桃園捷運公司尚未依上開要點完成內部控制制度研訂作業，鑑於桃園機場捷運已於106年3月正式營運，通車後公司營運活動將較創業期間更趨複雜，經於106年5月19日及107年5月29日函請檢討改善。
嗣經桃園市審計處追蹤改善情形，桃園捷運公司已訂定內部控制制度手冊，經提報該公司108年度第1次董事會議決議通過後，於108年4月公告施行，完備公司內部控制執行準據，以合理確保營運之效果及效率、內部與外部財務報導及非財務報導具可靠性、及時性、透明性及符合規範，與相關法令規章之遵循等目標之達成，俾落實風險管理，並健全公司治理。