審計部臺灣省南投縣審計室(下稱南投縣審計室)查核發現，南投縣政府(下稱縣政府)辦理溫泉取用費徵收作業，部分業者因水表損壞，推估用水量所採用之係數未能合理對應實際使用量，經促請檢討改善，已修改推估方式，合理計算取用量，以落實使用者付費原則。
縣政府為保育及永續利用溫泉，辦理溫泉取用費徵收作業，民國(下同)105年度列管徵收溫泉取用費之溫泉業者計有46家，其中11家計量方式依水表度數徵收溫泉取用費，其餘35家因水表設備損壞，該府依溫泉取用費徵收費率及使用辦法第4條規定，參考經濟部水利署溫泉開發及使用計畫書編製參考手冊之溫泉取用量估算經驗式，核算取用量，湯屋部分以平日或例假日住房率乘以房間數、每間用水量、離峰或尖峰用水天數及費率計算溫泉取用費。南投縣審計室於106年11月間查核發現上述35家溫泉業者溫泉用水取用費，其住房率係分區按固定係數計算，未以實際住房率計算，未能合理計算取用量，經於107年1月16日函請檢討改善。
嗣經南投縣審計室追蹤改善情形，縣政府已於107年7月10日召開會議決議，自108年度起，溫泉取用費之住房率係數，改以實際住房率作為核算基準。據該府統計，開徵107年度溫泉取用費之溫泉業者計有46家，均全數依實際取用量或住房率開徵溫泉取用費，開徵金額合計199萬餘元，較106年度開徵金額增加14萬餘元，落實使用者付費原則。