審計部臺灣省雲林縣審計室(下稱雲林縣審計室)查核發現，西螺農產品市場股份有限公司因受託檢驗蔬果數量增加，人力無法負荷，自民國(下同)102年10月起停辦對市場內販售蔬果農藥殘留之自行抽驗作業，未能有效防杜不合格蔬果流入市面，且檢驗作業規範未臻周延，經函請研謀改善，已聘專人辦理檢驗及修正作業規定，維護食材及民眾食用安全。
西螺農產品市場股份有限公司107年度交易量及金額分別達27萬餘公噸、57億7,091萬餘元，占全國總交易量及金額約10.61％及8.36％。該公司為防止農藥殘留超過標準之果菜流入市面販賣，於97年5月訂定進場果菜農藥殘留檢驗處理要點，於交易前進行抽樣檢驗，檢驗不合格者，通知供應人停止進貨。該公司蔬果農藥殘留檢驗樣品，源自個別農民或承銷人採樣委託送驗及該公司於市場內抽樣檢驗。雲林縣審計室於106年11月查核發現，該公司因農民及承銷人委託送驗件數增加，檢驗人員工作無法負荷，自102年10月起停止抽驗市場內蔬果，僅辦理受託檢驗，未能有效把關以防止不合格蔬果於市場內販售；且上揭檢驗處理要點未訂定抽驗對象，規範內容欠周，經於107年1月5日函請檢討改善。
嗣經雲林縣審計室追蹤改善情形，該公司業於107年5月新聘市場內蔬果抽驗工作專責人員1名，並修正進場果菜農藥殘留檢驗處理要點，落實果菜農藥殘留檢驗。截至108年7月底止，已完成市場內蔬果抽驗5,325件，發現其中53件不合格蔬果，已通知供應人立即停止進貨，維護食材與民眾食用安全。