審計部臺灣省南投縣審計室(下稱南投縣審計室)查核發現，南投縣政府(下稱縣政府)為應縣庫調度需要，向金融機構辦理透支支應，惟未評估將基金專戶款項納入集中支付統一調度運用之可行性，致須負擔鉅額透支利息，經促請檢討改善，已將部分特種基金專戶納入集中支付，靈活庫款調度，減少財政負擔。
公庫法第21條第1項規定，各級政府設立之機關專戶存管款項，於不妨礙專戶設立之目的下，得視公庫實際需要，統一調度運用。南投縣政府為應縣庫調度需要，與代理公庫銀行臺灣銀行訂立公庫透支約定書，民國(下同)104至106年度各年度平均透支金額47億4,755萬餘元、40億1,189萬餘元及26億4,216萬餘元；支付透支利息5,676萬餘元、3,916萬餘元及2,432萬餘元，利息負擔沉重。南投縣審計室於107年3月查核發現，該府及所屬各機關106年底附屬單位預算非營業基金專戶存款計有27億餘元(不含南投縣地方教育發展基金)，代辦經費、保管款及代收款等專戶存款計有34億餘元，均獨立設專戶存管，未納入集中支付統一調度，經於107年6月6日函請檢討改善。
嗣經南投縣審計室追蹤改善情形，縣政府評估結果，在不影響基金運作原則下，自108年7月1日起，將規模較鉅之「南投縣政府資源開發基金」及「南投縣政府代收代付款戶」等2個專戶納入縣庫集中支付，靈活庫款調度，據該府推估，每年約可節省利息800萬餘元，減少利息負擔。