審計部查核發現，經濟部能源局(下稱能源局)運用石油基金經費委託地方政府辦理補助計畫，部分市縣政府遲未繳回計畫結餘款，經促請研謀改善，已全數收回，並運用資訊系統審查與控管後續年度計畫，以確保基金永續經營。
能源局為維護偏遠與原住民族地區民眾使用液化石油氣（桶裝瓦斯）之權益，經運用石油基金經費委託地方政府辦理「偏遠與原住民族地區家用桶裝瓦斯差價補助計畫」，並於民國(下同)106年擴充「偏遠與原住民族及離島地區石油設施及運輸費用補助管理及查核系統」功能，市縣政府得藉由該資訊系統辦理補助計畫經費編列、核銷及審查作業，期提升效能與改善錯誤率。審計部查核發現，該局於104至106年間委託市縣政府辦理上開補助計畫，均已於當年度執行完竣，惟能源局與部分市縣政府未落實運用資訊系統控管及核銷補助經費，截至106年底止，除未完成相關核銷作業外，尚有結餘款5,071萬餘元留存市縣政府，未依偏遠與原住民族及離島地區石油設施及運輸費用補助辦法第40條第5款規定，繳回石油基金，經於107年5月30日函請能源局研謀改善。
嗣經審計部追蹤改善情形，能源局已督促市縣政府辦理補助計畫核銷作業，結餘款5,071萬餘元已全數繳回，並於107年間辦理資訊系統操作教育訓練計14場，以提升市縣政府對資訊系統操作之熟稔度，108年度市縣政府已運用資訊系統辦理補助經費之申請、核銷等相關行政作業，發揮建置資訊系統補助款線上申請審查功能，提升行政效率，以確保石油基金永續經營。