審計部查核發現，行政院農業委員會農業金融局（下稱農業金融局）以固定利率作為政策性農業專案貸款（下稱專案農貸）利息差額補貼基準，未適時隨市場利率與經濟情勢變化機動調整，有偏離市場實況及過度補貼之虞，經函請農業金融局檢討妥處。該局已修正相關規範調整補貼基準，有助政府資源確實用於農漁業發展。
農業金融局為提升金融機構承作專案農貸案件意願，訂有專案農貸利息差額補貼基準，由農業發展基金及農業天然災害救助基金逐年編列預算，補貼經辦金融機構作業成本及風險，民國（下同）102至104年度補貼金額分別為31億3,445萬餘元、26億2,456萬餘元及23億526萬餘元。審計部查核發現，上開專案農貸利息差額補貼基準係固定利率，與政府其他政策性貸款採浮動利率不同，未適時隨市場利率與經濟情勢變化機動調整，且該局未訂定檢討機制，常年以固定利率補貼經辦金融機構，有偏離市場實況及過度補貼之虞，經於104年12月23日函請該局檢討利率補貼政策合理性妥處。
嗣經審計部追蹤改善情形，農業金融局已參考中央銀行重貼現率變動情形及政府其他政策性貸款補貼基準之指標利率，修正辦理政策性農業專案貸款辦法，除青年從農創業貸款等項目之補貼基準持續視情況檢討調整外，其餘專案農貸補貼基準計息方式業改採浮動利率機動計息，以即時反應市場利率變動，經統計自上開辦法105年3月修正至108年6月30日止，該局已依貸款種類分別調降補貼基準0.28至0.91個百分點，節省政府支出約6億1,742萬元，有助相關政府資源確實用於農漁業發展。