審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)查核發現，臺南市政府衛生局(下稱衛生局)對於6歲以下幼童逾期未接種疫苗有延遲通報及未建立逐案追蹤機制，幼童接種保護機制未周妥，經函請研謀改進，已建立列管逾期未接種幼童名冊並督導所屬衛生所逐一辦理訪視，落實催種、家訪及通報機制，主動關懷確保弱勢兒童安全健康。
衛生局民國(下同)107年度編列預算7,659萬餘元，辦理各項疫苗接種工作，依「6歲以下弱勢兒童主動關懷方案」規定，逾期未完成預防接種幼童，由衛生所辦理催種及家訪，經家庭訪視無法找到個案或家屬等下落不明者，由衛生局彙整轄區個案函報社會局續處。臺南市審計處於107年9月查核發現，107年度截至8月底止，因幼童逾期未完成疫苗預防接種而通報社會局個案僅4案，其中2案係逾期2年餘及9個月餘始辦理家訪後函轉社會局續處，有延遲家訪及通報情事，主要係因該局未建立幼童逾期未接種個案之控管機制，由轄屬衛生所自主通報，無法有效監督未接種個案之後續通報、家訪等追蹤作業，對於幼童接種保護機制未周延，經於107年12月函請衛生局研謀改善。
嗣經臺南市審計處追蹤改善結果，衛生局已督促各衛生所自108年1月1日起，針對逾期未接種疫苗者，半年內至少電訪2次及家訪1次，並記錄於衛生福利部疾病管制署建置之「全國性預防接種資訊管理系統」，無故逾期未接種者，立即於上開系統通報，並列管6歲以下接種總劑次小於5劑之高風險幼童。據衛生局統計，108年度截至6月底止，已列管上開高風險幼童計520名並逐一辦理家訪結果，通報社會局續處個案達60名，期有效預防兒童未獲妥善照護之案件，主動關懷確保弱勢兒童安全健康。