審計部所屬各地方審計處室檢視各市縣政府民國(下同)107年度預算編列情形發現，雲林縣及嘉義縣政府未遵行法令規定，於103至107年度均虛列上級政府補助收入預算，雖經各該管審計室分別函請檢討改善，仍未有效改善，嗣陳報監察院，業由監察院糾正雲林縣及嘉義縣政府。
依中央對直轄市及縣(市)政府補助辦法第18條第2項規定，直轄市、縣(市)政府編列補助收入時，應註明編列依據，否則不得編列。雲林縣及嘉義縣政府103至107年度分別編列歲入預算數介於278億餘元至307億餘元之間及234億餘元至259億餘元之間。
審計部各地方審計處室檢視各市縣107年度預算編列情形發現，雲林縣及嘉義縣政府未遵行上開規定，於103至107年度歲入預算，每年度虛列無上級機關核定文號之補助收入分別介於22億餘元至33億餘元之間及17億餘元至23億餘元之間，且該2縣103至106年度虛列之上級政府補助收入預算執行結果均為短收，實現比率分別僅介於8.51％至12.66％之間及9.11％至10.80％之間，部分年度復未按歲入短收情形相對控減歲出，致歲計決算產生短絀。又上開2縣截至106年底止1年以上公共債務未償餘額占各該縣總預算及特別預算歲出總額之比率為42.65％及40.36％，已達公共債務法規定舉債上限(50％)之8成，各該管審計室均已函請各該縣政府檢討改善，惟仍未有效改善，嗣經審計部於107年8月20日陳報監察院，案經監察院立案調查後，於108年4月3日糾正雲林縣及嘉義縣政府。(詳監察院公報第3124期)