審計部交通建設審計處(下稱交通建設審計處)查核發現，交通部觀光局大鵬灣國家風景區管理處（下稱鵬管處）委託民間機構開發經營大鵬灣國家風景區，因未督促民間機構取得船舶運送業許可證，致大鵬灣至小琉球間之固定航線（下稱鵬琉線）交通船無法實質營業，經促請檢討改善，已正式營運，帶動遊客到訪並增裕營收。
鵬管處為充分發揮大鵬灣地區之遊憩資源特色，依促進民間參與公共建設法等規定，於民國（下同）93年11月30日簽訂「民間參與大鵬灣國家風景區建設BOT（Build–Operate–Transfer）開發經營」契約，預計由民間機構投資至少20億元，興建及營運期合計52年。交通建設審計處查核發現，民間機構因小琉球遊客人數有逐年攀升趨勢，東港碼頭已不敷使用，且大鵬灣交通便捷性及停車空間頗具規模，藉由遊艇港區的建設，提供藍色海上公路航程、推廣水上活動等服務，提升整體園區遊憩設施之營運效益，興建項目包括遊客及管理服務中心（主要提供售票及候船之服務功能）、交通船泊席位等，遊艇港區全區（除店鋪及遊艇停泊位外）已於107年8月31日進入營運階段。民間機構雖已向交通部航港局申請鵬琉線交通船許可籌設，並置妥船舶，惟因未取得船舶運送業許可證，致自遊艇港區營運日起鵬琉線交通船即無法實質營業，提供藍色海上公路航程服務，經函請檢討改善。
嗣經交通建設審計處追蹤改善結果，民間機構已取得船舶運送業許可證，鵬琉線並於今（108）年1月27日起營運，週六、日兩天各往返1個航班；自6月6日起已增為週一、週四至週日5天各往返2個航班，營運期間均接受團體預約，並可憑藉鵬琉線船票免費搭乘小琉球環島公車，經統計至5月底止，已帶動1,125人次搭乘，增裕營收。