審計部臺灣省雲林縣審計室(下稱雲林縣審計室)查核發現，雲林縣政府辦理新虎尾溪崙背排水水質淨化工程(下稱水質淨化工程)，未審慎評估，逕採現地自然淨化設施，又未加強上游污染源之稽查作業，致未達污水去除率及處理量等預期效益，經函請研謀改善，已完成水質淨化處理改善工程，達成水質淨化及河川整治目標。
雲林縣政府為整治新虎尾溪水質嚴重污染情形，於崙背排水支流匯入新虎尾溪處，辦理水質淨化工程，總經費6,506萬餘元，民國(下同)102年12月23日開工，104年6月18日驗收合格。雲林縣審計室於106年9月查核發現，該府事前未審慎分析崙背排水之水質及評估設計可行性，逕採現地自然淨化設施(礫間接觸曝氣氧化工法)，且未加強稽查管制崙背排水污染來源，無法有效嚇阻非法污水之排放，致工程完工後污水去除率及處理量占設計處理量分別為63.08％、64.55％，均未達70％及全量取水之預期目標，影響水質淨化成效，經於107年6月22日函請雲林縣縣長查明妥處。
嗣經雲林縣審計室追蹤改善情形，雲林縣政府自107年7月起重新檢討污水處理效果及加強上游畜牧場輔導作業，並促請雲林縣環境保護局辦理早鳥(上班前)及貓頭鷹(下班後)等非法排放污水稽查專案，以減低源頭污染排放量，另於108年1月11日完成水質淨化處理改善工程，污水去除率提升至82.71％，處理量占設計處理量亦增加至87.24％，達成水質淨化及河川整治目標。