審計部教育農林審計處（下稱教育農林審計處）查核發現，教育部自民國（下同）107年度推動高等教育深耕計畫，補助大學發展多元特色及培育優質人才，惟招生欠佳之私立大專校院仍獲得補助，經函請研謀改善，已修正「教育部獎勵私立大學校院校務發展計畫要點」，明定接受專案輔導之學校，僅核予基本需求補助經費，不再核予獎勵經費，以提升競爭型計畫經費運用效益。
教育部為補助學校發展多元特色及培育優質人才，自107年度推動高等教育深耕計畫（107至111年度），總經費836億元，其中107年度編列預算數166億8,128萬餘元。教育農林審計處於107年3月查核發現，○○科技大學等5校106學年度全校新生註冊率未達6成，且學生人數未達3,000人，為「教育部輔導私立大專校院改善及停辦實施原則」所列專案輔導潛在對象，107年度仍獲得高等教育深耕計畫補助經費合計5,272萬餘元，不利經營不佳學校之退場轉型。經於107年5月22日函請教育部研謀改善。
嗣經教育農林審計處追蹤改善情形，教育部已修正「教育部獎勵私立大學校院校務發展計畫要點」，明定接受專案輔導之學校，僅核予基本需求補助經費，不再核予獎勵經費，以提升競爭型計畫經費運用效益。