審計部交通建設審計處(下稱交通建設審計處)及審計部臺灣省嘉義市審計室(下稱嘉義市審計室)查核發現，交通部公路總局(下稱公路總局）補助嘉義市政府興建嘉義市先期交通轉運中心，未掌握轉運中心前棟建物4席月台及部分空間持續閒置，即時輔導協助改善，該府亦未積極按活化措施完成公車路網系統規劃，致無法提供預計之旅運服務班次，經陳報監察院，業由該院糾正公路總局及嘉義市政府。
公路總局為促進大眾運輸永續發展，健全地方公共交通路網，於民國(下同）96年5月25日核定補助嘉義市政府辦理「嘉義市先期交通轉運中心新建工程計畫」，總經費2億7,000萬元（公路總局補助2億元），99年5月17日建造完成地下1層70個汽車席位停車場、2棟(前、後棟)地上2層15席大客車月台客運轉運站、1棟404個機車席位停車場及跨站行人天橋。
交通建設審計處及嘉義市審計室於106年9月查核發現，公路總局未掌握轉運中心自100年1月啟用後前棟建物即閒置，且後棟2樓內部公共空間亦未使用之現況，適時提報行政院活化閒置公共設施專案小組列管，遲至102年12月經媒體報導後始納入列管活化，斲傷政府形象，嗣於解除列管後，未督促該府追蹤改善成效，致未能掌握前棟建物4席月台及部分空間持續閒置情事，即時輔導協助改善；嘉義市政府延誤與進駐轉運中心業者協調遷入時機，於獲知業者無進駐意願時，亦未依法要求業者調整行車路線或採取其他可行方案，嗣於解除列管後，因未積極按原提報活化措施完成公車路網系統規劃，辦理市區公車路線調整與公告事宜，肇致預計每日提供800餘班次旅運服務及方便民眾轉乘之計畫目標無法達成。嗣於107年3月分別通知交通部及嘉義市市長查明妥處並陳報監察院，案經監察院立案調查後，於108年4月12日公告糾正公路總局及嘉義市政府。（詳監察院公報第3125期）