審計部臺灣省澎湖縣審計室(下稱澎湖縣審計室)查核發現，澎湖縣政府農漁局(下稱農漁局)為管理農作物農藥殘留風險，執行農作物農藥殘留檢測，惟未依地區銷售特性，適度調整採樣檢驗比率，且部分高產量農作物多年未檢驗，經促請檢討改善，已調整及提升採樣檢驗比率，維護民眾食用安全。
農漁局接受行政院農業委員會農糧署(下稱農糧署)補助執行蔬果農藥殘留檢測，原則按田間抽驗20％，集(理)貨場、果菜市場等抽驗80％之比率辦理抽檢。民國(下同)105、106年度整體蔬果農藥殘留檢驗數為10、20件，辦理經費為3萬餘元、4萬元。澎湖縣審計室於106年4月查核發現，澎湖地區缺乏集(理)貨場及果菜市場，作物採收後多暫置家中，經簡易整理即送至零售市場銷售，僅生產及零售階段可採樣檢驗，農漁局除辦理田間抽驗外，另以農戶已採收尚未至零售市場之蔬果取代集(理)貨場抽驗。而該局採用化學檢驗法，自採樣至檢驗結果約需10天，對於田間採樣檢驗不合格之蔬果，尚能執行停止採收之管制措施，惟就已採收尚未運至零售市場之蔬果，由於自採收至販售時間較短，未得知檢驗結果前已流入市面販售；又該局對於當地高產量農作物如洋香瓜等，則多年未辦理抽檢，經於106年7月21日函請檢討改善。
嗣經澎湖縣審計室追蹤改善情形，農漁局於107年1月12日協調農糧署同意自107年度起，調整澎湖地區田間與集(理)貨場採樣比率分別為70％及30％；另增加農藥殘留檢測經費6萬元加強抽驗洋香瓜、西瓜、芥菜、胡蘿蔔、蘿蔔、絲瓜、落花生、甘藷及食用玉米等高產量農作物，107年度整體蔬果農藥殘留檢測數35件，檢測比率較上一年度增加75％，其中田間採樣比率由20％提升至85.71％，維護民眾食用安全。