審計部教育農林審計處(下稱教育農林審計處)查核發現，國立臺灣史前文化博物館(下稱史前館)辦理南科館整建計畫，於規劃階段未依法妥適配置停車空間，復未依規定程序辦理計畫變更，影響工程招標作業，延宕開館期程，經函請文化部督促史前館積極辦理，南科館已完成興建且開館營運，發揮公共建設使用效能，並提升文化教育發展。
史前館〔原隸屬教育部，民國（下同）101年5月20日改隸文化部〕為典藏南部科學工業園區內出土文物，報經行政院於97年2月核定「南科館整體計畫」後，於101年5月30日提報計畫修正，計畫經費15億元，預計興建地上4層、地下1層，總樓地板面積18,470平方公尺之博物館1棟，原訂於105年12月完工開館。教育農林審計處於102年3月間查核發現，史前館於規劃階段未能充分蒐集相關法令規定，並妥為考量未來使用需求，俟計畫核定後始發現未規劃設置停車空間，復未依審查意見妥適檢討計畫修正即逕行設計，致基本設計無法獲當時主管機關教育部審查通過，延宕計畫執行進度；另基本設計亦未按計畫核定之建築面積及契約設計原則要求建築師進行設計，屢經教育部及行政院公共工程委員會要求修正，肇致耽延計畫執行，經於102年11月25日函請文化部督促史前館積極辦理。
嗣經教育農林審計處追蹤改善情形，南科館已於107年8月27日驗收完成，並於107年底開放文教團體預約參觀，截至108年2月底止，計辦理預約導覽85團次、3,718人次入館參觀，發揮公共建設使用效能，並提升文化教育發展。