審計部臺灣省澎湖縣審計室(下稱澎湖縣審計室)查核發現，澎湖縣政府稅務局(下稱稅務局)辦理房屋稅稽徵作業，未依規定地段增減率釐正稅籍資料，致核課房屋稅額有超(短)收情形，經促請檢討改善，已全面釐正，並依法退還(補徵)稅款，維護租稅公平。
依據澎湖縣房屋稅徵收細則第8條規定，房屋稅條例第11條所指之房屋標準價格，應依同條第1項第1款至第3款規定之房屋種類、等級、耐用年數、折舊標準及地段增減率等事項調整擬定，經由不動產評價委員會審查評定後，由縣政府公告之。澎湖縣政府依澎湖縣不動產評價委員會決議，於民國(下同)104年12月4日公告重新評定澎湖縣房屋標準價格相關事項，包括「房屋標準單價表」、「各類房屋折舊標準表」及「房屋地段等級」等事項，並自105年1月1日施行，稅務局依公告事項批次修改地段增減率(最近公告日為107年9月20日)。澎湖縣審計室於107年9月運用電腦稽核軟體，查核稅務局107年度辦理房屋稅稽徵作業之課稅資料與已公告之澎湖縣房屋地段等級表，發現部分房屋未按澎湖縣房屋地段等級表地段增減率核算房屋稅，致核課房屋稅額有超(短)收情事，經於107年12月8日函請檢討改善。
嗣經澎湖縣審計室追蹤改善情形，稅務局已於108年2月完成清查及辦理相關稅籍資料釐正，計退還32筆，金額45萬餘元；補徵17筆，金額6萬餘元，維護租稅公平。