審計部查核發現，台灣自來水股份有限公司（下稱台水公司)為因應新竹縣北埔及峨眉鄉之民生用水需求辦理北埔淨水場新建工程，未依規定申請開發許可及取得所需水權，即於民國（下同）101年6月發包動工興建，致淨水場設備完工試車後遲無法合規營運，經促請檢討改善，該公司已依規定補辦申請開發程序及新設水土保持設施，遵循法制穩定供應地方用水。
台水公司為因應新竹縣北埔及峨眉鄉用水需求增加及舊有南坑淨水場處理能力漸趨不足問題，於101年6月發包辦理北埔淨水場新建工程，決標金額1億2,580萬元，原預計於102年9月30日完工，計畫將北埔及峨眉供水系統最大設計出水量自每日3,180立方公尺提升至每日8,000立方公尺，惟截至104年7月底止，淨水廠處理設備及控制室等雖已相繼完工及試車，卻因無法取得使用執照，違章營運供水。經審計部調查結果，核有台水公司辦理淨水場工程前，未依水土保持法相關規定向新竹縣政府申請開發許可，且未辦理水土保持設施，以致無法申請取得使用執照合規營運；又未積極配合淨水場設備處理能力擴充，向經濟部申請取得所需水權，肇致已完工設施合法操作水權量僅每日3,180立方公尺，未及設備處理量能4成等情事，於105年6月6日函請經濟部督促檢討改善。
嗣經審計部追蹤改善情形，經濟部已督促台水公司依規定補辦申請開發程序及水土保持設施，於106年9月27日向經濟部申請取得臨時用水登記；並於107年12月19日完成水土保持設施，108年1月3日向新竹縣政府申請取得淨水場使用執照，遵循法制穩定供應地方用水。