審計部臺灣省澎湖縣審計室(下稱澎湖縣審計室)查核發現，澎湖縣政府辦理馬公客運轉運中心(含住宿設施)興建計畫，未能即時取得建造執照而延遲開工，及契約施工圖說與建造執照核准圖說不一致，無法取得使用執照，完工後未能啟用，經促請檢討改善，已落成啟用，提供民眾優質交通運輸服務及增裕庫收。
澎湖縣馬公公車總站位於馬公市中心，興建於民國(下同)50年代，因主體建物嚴重斑駁鋼筋外露，澎湖縣政府鑑定為危險建築。該府為候車民眾安全，提供鄉親更優質的服務，於103年度編列預算7,486萬元，辦理馬公公車總站改建客運轉運中心(含住宿設施)興建計畫。澎湖縣審計室於105年1月29日查核發現，該工程原預定於103年12月5日開工，因未能即時取得建造執照，遲至104年3月15日始開工，又契約施工圖說與建造執照核准圖說不一致，該建築綠化面積未符規定，無法取得使用執照，致轉運中心及住宿設施完工後未能啟用等，先後於105年4月21日及106年3月15日函請澎湖縣政府檢討改進。
嗣經澎湖縣審計室追蹤改善情形，澎湖縣政府已於106年9月間依建造執照核准圖說完成綠化工作，106年9月18日取得使用執照，該轉運中心業於106年10月20日正式啟用營運，2樓至5樓住宿設施於107年7月5日取得旅館業設立登記，並委託民間公司經營，提供46間客房服務，除提供民眾優質交通運輸服務，並挹注縣庫5年租金收入309萬餘元及10年經營權利金2,200萬元。