審計部臺灣省臺東縣審計室(下稱臺東縣審計室)查核發現，臺東縣鹿野鄉公所(下稱鹿野鄉公所)自民國(下同)105年1月起推動鹿野米產地證明標章認證制度，惟農戶使用量未如預期，公所亦未落實不定期抽驗作業，且產地標章管理系統未臻健全，經促請檢討改善，已提升標章使用量，並加強抽驗及標章管理系統維護作業，健全產地良質米認證管理制度。
鹿野鄉公所為扶植及應在地小農需求，運用產地區域優勢來提升鹿野米之產品評價，於102年3月獲經濟部智慧財產局註冊通過鹿野米產地證明標章，並自105年1月起核定使用鹿野米產地證明標章認證制度。臺東縣審計室於105年10月查核發現，該公所截至同年9月底止，核定使用鹿野米標章申請總量計41,050公斤，較同期參與小農稻作估算實際稻米碾製總量約13萬餘公斤，僅占31.46％，使用量未如預期，亦未依鹿野鄉公所「鹿野米」註冊證明標章使用管理規範第11點規定，不定期進行抽驗，且產地標章管理系統無法讀取藥檢、生產履歷等資料，經於106年1月間函請研謀改善。
嗣經臺東縣審計室追蹤改善情形，經鹿野鄉公所持續推廣及追蹤標章使用情形，106年度已增加至146,406公斤，較105年度之80,214公斤，成長達1.8倍(107年度截至9月底止為76,940公斤，亦較105年度同期增加35,890公斤)，且106年度標章使用量占小農參與稻米碾製總量28萬餘公斤之比率，亦成長至52.14％；該公所自107年1月至10月底止已辦理農會超市等賣場巡查7次，鹿野米市場產品抽驗結果皆符合檢驗標準；另產地標章管理系統於106年5月維護後，已可查詢藥檢及生產履歷紀錄等資訊，健全產地良質米認證管理制度。