審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)查核發現，臺南市政府水利局(下稱水利局)管理雨水下水道，未有效管制水電、瓦斯等管線違法穿越或附掛雨水下水道，阻礙排水功能，且未訂定相關裁罰機制，無法嚇阻業者違法行為，經促請檢討改善，已修正下水道管理自治條例，增訂罰則，並協調違法管線遷移，維護雨水下水道排水功能及人民生命財產安全。
臺南市政府為建設、維護及管理雨(污)水下水道，於民國(下同)101年7月27日公布施行「臺南市下水道管理自治條例」(下稱自治條例)，其第10條規定，任何設施管線設置，不得從中穿過下水道及其附屬設施，但經管理機關核准者不在此限。臺南市審計處於105年10月查核發現，水利局於105年1月間辦理雨水下水道開孔檢查作業，發現部分水電、瓦斯等管線違法穿越雨水下水道，及纜線未經申請隨意穿越及暫掛雨水下水道等情事，影響雨水下水道排水功能，增加市區淹水風險，且部分管線如瓦斯若發生洩漏，恐有氣爆之虞，惟自治條例並無相關裁罰機制，無法有效嚇阻業者違法行為，並導致違法管線遷移進度遲緩，經於106年1月25日函請檢討改善。
嗣經臺南市審計處追蹤改善結果，水利局自106年2月起已持續與管線業者會勘並召開雨水下水道遭管線穿越遷改協調會議，截至107年5月底止，已陸續遷移84條穿越雨水下水道之管線，107年6月11日並修正上開自治條例，增訂相關罰則，對未經核准穿越下水道及擅自違規附掛纜線之業者處以最高10萬元之罰鍰並通知限期補正，屆期未補正者，得按次處罰，以維護雨水下水道排水功能及人民生命財產安全。